Olá
Bem vindo(a) à Comunidade Microsoft.
Tudo bem, Leo? Não temos informações sobre incompatibilidade de certificados com a nova versão do Windows 10, se a empresa afirmou que era um problema com o Windows, peça que informe qual é. De nossa parte e para sermos mais assertivos, informe por gentileza a marca e modelo do seu certificado digital, é reportado algum erro na tela? Desinstale, reinicie o computador e baixe um novo instalador do certificado, acione o suporte para que o acompanhe no processo de configuração, assim eles visualizam log de erros e você pode nos enviar os relatórios para melhor analise.
Avise-nos sobre o resultado. Estamos à disposição!