Ik heb het probleem bij mij opgelost!
Ik las ergens de tip om bij de configuratie van je account bij het tabblad 'geavanceerd' (via 'meer instellingen' de root van je inbox aan te geven:
Mogelijk dat dit per provider iets verschilt, maar bij mij was het probleem nu in 1x verholpen. Er werden direct extra mappen aangemaakt, waardoor je wel dubbele kreeg (sent en verzonden etc), maar via het tabblad 'MAP' boven het lint, kan je de imap-structuur via query downloaden en vervolgens aangeven op welke mappen je je wil abonneren.
Ook het verwijderen van items via 'delete' (dus geen hard delete) werkte bij mij!
Ik hoop dat het bij jullie ook werkt!