外部ドメインのメールアドレスを Microsoft アカウントに登録した場合、そのメールアドレスがセキュリティ情報として登録されるので、それ以上の本人確認を求められない場合があるが、その状態でメールアドレスが受信不可になるとセキュリティ情報が何もない状態になる、というのが多くのトラブルの原因のようです。
本人が Microsoft アカウントの仕組みやセキュリティ情報の役割を正しく理解して適切に管理していれば、外部ドメインのメールアドレスを使うこと自体は何の問題も無いと思います。
しかし実際に多くの質問が投稿されているように、Microsoft アカウントの仕組みやセキュリティ情報の役割に無頓着で、適切な管理をしない人が世の中には沢山います。そういう人にとっては面倒を避ける意味で「外部ドメインのメールアドレスを Microsoft アカウントに登録しないことを勧める」のには一定の意味があるでしょう。
『各個人の判断』と言えば聞こえは良いですが、実際によく分かっていない人にとっては何の意味もない話なので、『外部ドメインのメールアドレスを Microsoft アカウントに登録しない』ことを強く推奨すべきという考え方は間違ってはいないと思います。
そのような投稿が適切でないと考えられるのであれば、Microsoft アカウントの仕組みやセキュリティ情報の役割に無頓着な人が十分理解できるような説明で安全な利用方法を伝えた上で、外部ドメインでも問題ないことを説明されると良いでしょう。
私も外部ドメインの利用は上とは別の理由(組織アカウントとの重複の可能性)も含めて、利用はお勧めできないと思っています。