・VirtualStore が有効になるのは、Vista 以前に作られたソフトウェアだから。
(マニフェストに UAC を考慮した、requestedExecutionLevel が書かれていない)
・VirtualStore の有無問わず、どのエディションでも Program Files には書き込めません。
(Vista からの仕様)
再三になりますが、Program Files への書き込みは「管理者として実行」といちいちやらないとできません。
Windows 10 では UAC を無効にしても足りないので、Program Files のアクセス許可を壊すなど、お使いの PC を危険な状態にする以外に方法はないです。
どうしても、exe と同じフォルダーにファイルを保存したいのなら、そのソフトウェアを Program Files 以外、たとえば C:\Tool みたいなフォルダーにインストールすれば良いと思う。
C:\Tool にインストールすれば、Program Files のように保護されていないので、exe と同じフォルダーに保存できますよ。
KiinEditor ならインストールの時にどこにインストールするか選べるようですので。