まだクローズしていなかったので、念のためその後の経過をお知らせします。
その後、ローカルアカウントに切り替えたPCのうち何台かで、このエラーが再発してしまいました。
PCを確認してみると、C:\Users\ユーザー名\の直下にDesktopフォルダがなく、C:\Users\ユーザー名\OneDrive\の中にDesktopフォルダが作成されていいました。
OneDriveにDesktopが同期されているようなので、OneDriveのアプリから設定を確認しようとしましたが、OneDrive Businessしかインストールされていない状態で、個人アカウントなのになぜ??となりましたが、とりあえずOneDriveをインストールし直し、元々Windowsにサインインしていた個人アカウントでログインし、設定内容を確認しました。
Desktop同期がオンになっていたので、念のためDesktopのデータをGoogleドライブにバックアップとったうえで、同期をオフにしました。
すると、C:\Users\ユーザー名\直下にDesktopフォルダが作成されていて、中身は空だったので、その中にC:\Users\ユーザー名\OneDrive\の中のDesktopフォルダのファイルをゴッソリ移動させました。
その後、再起動をして、念のためデスクトップの場所のレジストリ値を確認すると、新しく作成されたディレクトリで設定されていて、その後このエラーも発生しなくなりました。
依然原因の特定はできていませんが、とりあえず私の解消方法だけ共有しておきます。
PCのキッティングは別の人が行ったため謎な部分も多いですが、お許しください。