Hola.
- Descarga Autoruns de Sysinternals desde aquí: http://technet.microsoft.com/es-es/sysinternals/bb963902
- Descomprime y ejecútalo como Administrador (Clic derecho, Ejecutar como administrador).
- Ve a la pestaña de Options, Filter options. Selecciona Hide Microsoft entries y dale al botón de Rescan.
- Abre la pestaña de Explorer y todo lo que veas ahí desactívalo quitando la casilla de selección.
- Dale a File, Save, ponle cualquier nombre y lo guardas.
- Cierra Autoruns y reinicia el equipo.
Fíjate si después del reinicio sigue el problema.
Nota del Moderador:
Si tiene problemas completos con el clic derecho y tambien se congela o reinicia el Explorador, en el mismo Autoruns pulsar en el botón File>Run as Administrator. Después de eso se hace el procedimiento tal como lo describe el compañero.