При переустановке системы в режиме обновления у Вас будеи возможность сохранить все Ваши файлы и настройки.
Подробно о параметрах восстановления системы с помощь различных методов, в том числе и с помощью переустановки с установочного носителя, Вы можете прочесть в статье Базы Знаний службы поддержки https://support.microsoft.com/ru-ru/help/12415/...
В любом случае, прежде чем предпринимать какие либо действия обязательно сделайте резервную копию всех нужных Вам файлов на съёмных носителях, чтобы обезопасить себя от любых непредвиденных сбоев.
Ненужные Вам файлы, просто удалите, хоть в корзину, хоть сразу без возможности восстановления. Это не принципиально.