Обновление накатилось следующим образом.
В логах setupact.log обнаружил следующее:
2019-04-28 17:15:27, Error IBSLIB BCD: Failed to get the size needed for the registry data. Status: c0000024[gle=0x00000002]
2019-04-28 17:15:27, Error IBSLIB BCD: BcdCopyObjectEx: Failed to enumerate source elements. Target: {14e96aef-4da8-11e8-a0ab-92c29318782f} Flags: 0x4 Status: c0000024[gle=0x00000002]
2019-04-28 17:15:27, Error IBSLIB BCD: Failed to clone store. Status: c0000024[gle=0x00000002]
2019-04-28 17:15:27, Error IBSLIB BCD: BcdExportStore: Failed clone BCD to \??\C:\$WINDOWS.~BT\Sources\Rollback\EFI\Microsoft\Boot\BCD. Status: c0000024[gle=0x00000002]
2019-04-28 17:15:27, Error IBSLIB OSRollbackService::CBootFilesRestoreCheckpoint::Finalize: Failed to backup BCD database from "E:\EFI\Microsoft\Boot\BCD" to "C:\$WINDOWS.~BT\Sources\Rollback\EFI\Microsoft\Boot\BCD".[gle=0x00000006]
2019-04-28 17:15:27, Error [0x064199] IBSLIB SetCheckpoint(WinPEBootFilesRestoreCheckpoint): threw exception.: class RollbackException: RollbackException: Error(6), CSystemVolumeSelectionCheckpoint: Failed to backup BCD database. void __cdecl OSRollbackService::CBootFilesRestoreCheckpoint::Finalize(const unsigned short *,struct OSRollbackService::ICheckpointParameters *)[gle=0x00000006]
2019-04-28 17:15:27, Error [0x06418a] IBSLIB RollbackSetCheckpoint(WinPEBootFilesRestoreCheckpoint): threw exception.: class RollbackException: RollbackException: Error(6), CSystemVolumeSelectionCheckpoint: Failed to backup BCD database. void __cdecl OSRollbackService::CCheckpointImpressario::SetCheckpoint(const unsigned short *,struct OSRollbackService::ICheckpointParameters *)
void __cdecl OSRollbackService::CBootFilesRestoreCheckpoint::Finalize(const unsigned short *,struct OSRollbackService::ICheckpointParameters *)[gle=0x00000006]
2019-04-28 17:15:27, Error [0x06414e] IBSLIB RollbackSetCheckpoint(WinPEBootFilesRestoreCheckpoint) failed. Disabling Rollback.[gle=0x00000006]
Здесь ключевое: Failed clone BCD. Действительно, вызов bcdedit /export показал ошибку хранилища, неверный дескриптор.
Пришлось пересоздавать BCD следующим образом: загрузился с флешки, в разделе ESP нашел этот BCD, переименовал, запустил bootrec /rebuildbcd, добавил нужную ОС.
После этого обновление встало. Браво! Майкрософт, часы потерянного времени на пустом месте.