Была та же самая проблема 100% загрузка. У меня SSD диск (с виндой) и HDD (под данные и подкачку). Так вот на 100% грузился именно HDD. А началось это после того как я в 2012 (если не ошибаюсь) году обновился с Win7 на Win8. Причем в Win7 все работало исправно. Можно было, конечно, и далее сидеть на Win7, но из за работы нужно было разбираться с Win8.
Перепробовал много всего (обновление драйверов, установка системы начисто, замена харда, прошивка биос и т.д. (ничего из этого не помогло =)). Была возможность потестировать проявление данной проблемы на разных материнских платах, не могу не отметить один любопытный факт, из 5 материнских плат данная проблема проявлялась на четырех, объединяло их между собой (и в то же самое время отличало от пятой) то что в них была встроенная сетевая карта Atheros AR8151 (не берусь утверждать, что проблема именно в этом, все таки выборка крайне мала, но счел допустимым об этом упомянуть).
Материнскую плату менять не хотелось, решил попробовать по отключать различные службы, тыкался я с ними долго, методом научного тыка было выявлено, что диск у меня переставало грузить после остановки и отключенияслужбы Superfetch, что как бы довольно таки смешно т.к. в описании службы указано "Поддерживает и улучшает производительность системы". Возможно эта служба действительно что-то и ускоряет, но у меня сложилось впечатление, что она каким-то образом конфликтует с драйвером сетевой карты Atheros, так как даже с запущенной службой Superfetch, но отключенным сетевым адаптером нагрузка на диск пропадала.
Проблему со 100% загрузкой жесткого диска для своего компьютера я решил уже давно, в последствии обновился до Win8.1, потом и до Win10 и проблем с производительностью никаких не было. Но недавно Win10 у меня померла (с моей помощью, пытался подружить её с USB драйвером для девайсов на Rockchip`е :)) и пришлось её сбросить до "заводских настроек" (забыл как эта функция называется). И что я вижу, после восстановления загрузка HDD 100%, лезу в службы, а там, разумеется, включен Superfetch, отключаю его и снова все хорошо. Так что проблема эта актуальна для Win10 ровно так же как и для Win8.
В любом случае, если у Вас 100% загрузка диска, я советую попробовать отключить службу Superfetch, хуже не станет.