Tentei reproduzir esse comportamento. Mas estou conseguindo criar as partições e formatá-las no meu pendrive. Fui um pouco além, e criei 6 partições com sucesso. Mas não fiz usando o Diskpart, fiz pelo Gerenciamento de disco. Portanto, sugiro que tente fazer o mesmo.
Primeiro, exclua todos os volumes desse pendrive até que fique com somente um grande espaço não alocado.
Depois, clique no espaço não alocado, selecione “Novo volume simples” e siga as instruções na tela. Não esqueça de selecionar o sistema de arquivos NTFS para as partições.