Até onde eu sei o “CMOS do sistema/relógio em tempo real” é importante para que o Windows consiga se comunicar com o chip "relógio em tempo real" da placa mãe do computador e manter o horário correto.
Pode ser que esse chip responsável pelo relógio tenha dado defeito.
Sinceramente, nunca tive um caso do relógio em tempo real da placa mãe com defeito, mas é a explicação mais lógica, pois você já trocou a bateria, no Windows você nem consegue instalar o driver corretamente e no Linux um comportamento similar está acontecendo.