Tive este mesmíssimo problema agora, quando passei a usar o Windows 8.1. Achei um completo despropósito e um enorme retrocesso a perda da liberdade para organizar as pastas do jeito que a gente quiser. Durante minha pesquisa, encontrei este fórum e posto agora a solução que encontrei. Embora ela seja para o Windows 8.1, imagino que exista uma solução semelhante para a versão Seven.
http://www.eightforums.com/tutorials/4299-windows-explorer-auto-arrange-disable-windows-8-a.html