>自宅PCに職場PC画面が反映されるようになってしまいました。
デフォルトの状態では、デスクトップ・ドキュメント・ピクチャは、OneDrive 内のフォルダーです。同じアカウントを職場と家庭で使用すれば、それらのフォルがクラウドの OneDrive を通じて同期され、同じになることは、仕様通りの動作です。
リモートワークとかで、BYOD(Bring Your Own Device)が認められている職場で無いと、普通は処罰の対象となりそうですけど・・・ ^^; 。その辺り、大丈夫ですか?
>自宅PCのファイルはどこに行ってしまったのでしょうか。
会社の PC で削除したのなら、同期して自宅の PC のファイルも削除されます。削除していないなら、普通は両者のファイルが混在するはずです。自宅の PC のファイルが消えているのでしょうか? ごみ箱にもありませんか? なお、タスクバーの OneDrive のアイコンをクリックして、「オンラインで表示」を選び、ブラウザでクラウド上の OneDrive に直接アクセスすれば、クラウド上のごみ箱を確認できます。クラウド上のごみ箱はエクスプローラーでは見られません。この方法でクラウド上のごみ箱を確認してください。
なお、PC のごみ箱は、容量制限などで入らずに直接消えることがあります。クラウド上のごみ箱は、個人用アカウントでは 30 日間保存されますが、ごみ箱の容量が契約容量の 10% を超えると 30 日以内でも古いものから削除されるようです。