Microsoft ファイルのホスティングおよび同期サービス。
> OneDrive ファイルID破損による消失
「ファイルID破損」とエラーメッセージが出たのでしょうか?
その根拠などは何でしょうか?
> OneDriveクラウド上のファイルが完全に削除扱いになっている
その根拠は何でしょうね?
バージョン履歴からの復元、OneDrive全体の復元を試して見てください。
OneDriveで削除したファイルまたはフォルダーを復元する
Microsoft365サブスクリプションを保有している場合は、OneDrive全体を復元出来ます。
(OneDrive全体の復元は、有料での付加機能ですので購入していなければ使えません。)
OneDriveを復元する
<追記>
ブラウザ版OneDriveにてファイルの存在などを確認していますか?
単純に複数PCでの同期不調ではないでしょうか?
(ブラウザ版で見えるファイルが "正" と捉えて下さい。)