下のサイトの「フィルターキーや簡単操作が影響するケース」を参考に対処してみてください。
キーボードが反応しないときの対処法
\HKEY_CURRENT_USER\Control Panel\Accessibility\Keyboard Response\は、キーリピートの速さを設定するもののようですが、Flagsについては調べてもよく分かりませんでした。
わたしのPCでFlagsの値を見てみましたが、「2」になっていて問題は起きていません。
同じように、\HKEY_CURRENT_USER\Control Panel\Accessibility\StickyKeysのFlagsの値を「0」にするという対処法もあるようです。
これも確認したら「2」でした。
これ以外にも他のレジストリー操作を行うという対処法が見つかりますが、どれも有効な方法なのかどうかは不明です。
質問にある症状はWindows 10以前からもあるようです。
上のサイトにも25H2にアップデートした時に起きやすいとありますので、解決できなければ修復インストールを行ってみるという方法もあると思います。
修復(上書き)インストール
追記:上のサイトにある「再起動」などについては、[Shift]キーを押しながらシャットダウンすると、「完全シャットダウン」になります。
これで改善されれば、電源設定で高速スタートアップを無効にすることで常時「完全シャットダウン」にすることができます。
下のサイトを参照してください
関係するかどうか分かりませんが、サインインオプションの設定を変えてみてもいいかもしれません。
完全シャットダウン
再起動時にアプリが勝手に開く場合の対処方法