デスクトップのファイルをリネームすると左下に位置が動いてしまいます。
自動整列オフのときの話は別です。たぶん、リネームの通知より先に、リネーム後の名前が検出されて、新規作成の処理が走ったのでしょう。空いてるところに配置したのでしょう。
どちらが先かは、タイミングに依存する話なので、何かの設定で処理が増えたり減ったりすれば、タイミングがずれて変わるでしょう。
同期処理(ルーチンcall)なら、処理論理がひとつですけど、windowsは非同期処理(メッセージ)ですから、そういうぶれも仕様のうちです。