こんにちは。
手元の環境でタッチキーボードを表示させてマウスで入力してみた所、同じ様に日本語入力が出来ませんでした。
Windows バージョン 24H2 (OS ビルド 26100.6584)
日本語IME から Google 日本語入力に切り替えて、タッチキーボードを再起動した所、Google 日本語入力では日本語入力が出来ましたので、タッチキーボードで日本語IME に不具合が発生している様です。
改善されるまでの間の回避策として<Google 日本語入力>をご利用いただくのが良いと思います。
是非 タッチキーボード アプリの右上の(?)マーク > [フィードバック] から フィードバックHub を起動して、改善要望をマイクロソフトの開発チームに送信いただければと思います。