Microsoft ファイルのホスティングおよび同期サービス。
Bにデスクトップやワンドライブフォルダの同期が行われ、Aと同じに見える状態になりました。
しかしながら一部のフォルダやファイルが同期されておらず
このタイミングでクラウドにサインインした時に同期できなかったと思うデータがクラウドに無かった場合には、新PCをインターネットに接続する前に、既に何らかの原因でデータはクラウドから消えていたのでしょう。
または
このコミュニティでサインインするアカウントを間違えてサインインしていますね。これと同じ間違いを新PCを購入した時のセットアップでサインインしたMicrosoftアカウントを旧PCと異なるMicrosoftアカウントでサインインしてしまった。なので後からOneDriveアプリのサインインをやり直した。そこで同期の機能が働いででデータがおかしくなったという事ではないでしょうか?