サポートの方にガイドいただいた、以下の"ターミナルを用いたトラブルシューティング"によって同期ができるようになりました。

※上記内容にて改善が見られない場合には、ターミナルを使用したトラブル シューティングについてご検討いただけますと幸いでございます。​

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<免責事項>​

ターミナルからのシステムの変更により発生した、いかなる事象および運用方法につきましても、当窓口にてサポートいたしかねますことを予めご留意の上、慎重にご実施くださいますようお願い申し上げます。​

システムを誤って変更すると深刻な問題が発生することがございますので、ターミナルの操作は十分に注意して行ってください。​

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1. ユーザーにて同期クライアントを起動し、[アカウント] タブよりリンクを解除します。​
2. [LaunchPad] を開き、OneDrive アプリの雲のアイコンを長押しして、アイコンに表示される "x" マークをクリックし、アンインストールしコンピューターを再起動します。​
3. 管理者にて [ユーティリティ] より [ターミナル] を起動し、以下を順番に実行します。​

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4. 以下のコマンドを実行して、同期に関するフォルダーを削除します。(この 1 行をコピーし、ペーストして実行してください)​

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rm -rvf ~/Library/Containers/com.microsoft.OneDrive-mac​

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5. 以下のコマンドを実行して、リンクしている identity を削除します。(この 1 行をコピーし、ペーストして実行してください)​

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rm -rvf ~/Library/Group Containers/UBF8T346G9.OneDriveSyncClientSuite​

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6. 以下のコマンドを実行して、OneDrive アプリを削除します。(この 1 行をコピーし、ペーストして実行してください)​

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rm -rfv /Applications/OneDrive.app​

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7. 上記を実施後、[ターミナル] を閉じて Mac を再起動し、OneDrive for Business 同期クライアントを再度インストールします。​
8. AppStore から OneDrive アプリケーションをあらためてダウンロードしていただき、再セットアップをお試しくださいますよう、お願い申し上げます。​

もう一つ法則を見つけました。

OneDriveのWeb上のコンソールを確認すると、「XX件の変更を処理しています」というメッセージのループが発生するのとだいたい同じタイミングで「名前未登録ユーザーさんが（ファイル名）を（フォルダ）から削除しました。」と表示されます。確認すると、確かにOneDrive上から削除されています。

なお、ローカルのファイルは特に削除されておらず、無事です。

何が起きているのでしょうか？

ありがとうございます。確認しましたが、今回の問題とは無関係でした。

公式サポートはすでに受けており、現在はお返事を待っているところです。