誤解の無いように説明すると、WIndows 11 では「タブレットモード」というモード切替に機能は廃止されますが、タブレットに最適化されたユーザーインターフェース自体が廃止になる訳ではありません。ユーザーが任意に「デスクトップ モード」と「タブレット モード」を切り替えることはできなくなり、Windows がデバイスの状態やキーボードの接続状態などを判断して、自動的に最適なユーザーインターフェースに切り替えます。
そのため、『OS側での対応は難しそうなのでタブレットモードは使用しないよう運用ルールを設けて対応しようと思います』はできなくなるので、「デスクトップモードでしか正常に動作しないアプリケーション」はますます使えなくなるでしょう。