hicnとJSAlertを検索しても他にヒットしたなかったので、
JSAlertではなくJPAlert.vbsですが他の場所にコピー元が存在しないならインターネットから直接ダウンロードしてスタートアップにセットするマルウェアが存在する可能性があります。
USAlertで検索かけてみましたが、ヒットしませんでした。
表示されなくなりましたし、どこへ行ったのか不思議です。
表示が切り替わったという症状を診るかぎり実行ファイルを自在にダウンロードできる能力があります。
使わなくなった古いBatファイルやVbsファイルは証拠隠滅のために削除する機能も存在するでしょう。
タスクマネージャーも表示していた少し後に急に「タスクマネージャーは管理者によって使用不可になっています」と表示されて使えなくなったときがありましたし、遠隔操作されていた可能性はあるのでしょうか?
遠隔操作の可能性は低く、最初に侵入した影響の少ないトロイの木馬が次第に大きな被害を引き起こすマルウェア本体とPUP警告画面を表示するhicn.batと◯◯Alert.vbsをダウンロード設定しています。
初期化したら再度使えるようになりましたが。
マルウェア本体を削除する為には個人データを引き継がないすべてのデータを削除を指定した初期化が必要でしょう。