自分の手元にあるマシンならば、システム情報(msinfo32)の「コンポーネント>記憶域>ディスク」の例えばパーティション開始オフセットの値を見る(元HDDとクローンSSDとクリーンインストールSSDの比較)とか、「ディスクの管理」での同様の比較とか、色々試せますが、出てきている情報からでは今のところこれ以上思いつくものがありません。
でも、「再起動」以外では立ち上がるのならば、現状のままでも実害は少ないのでは?(Windows update等の更新が反映されない、などという状態ならば支障があるでしょうけど。それはどうですか?)