本来アプリケーションが Windows の機能を正しく利用していれば、C:¥ProgramFiles(x86)¥Nihonkiin¥Kifu と
C:¥ユーザー¥名前¥AppData¥Local¥VirtualStore¥ProgramFiles(x86)¥Nihonkiin¥Kifu はアプリケーションから見れば同じ場所として扱われ、どちらかに置かなければ見つからないというような現象は起きません。
つまりそのアプリの作りが悪いのでそういう動作になっているのですから、何かするとしたら「運用で回避する」か「アプリの作成者/提供元に改善を求める」かでしょう。