不正サインインされているかもしれません

はい、それであれば問題ないです。

では、このまま有効にしても大丈夫ということでいいでしょうか？

私は、携帯の番号を登録しているのでそこにコードが送られてくるのですよね？

また、先ほど送信した2番の項目のアプリパスワードがよくわかりません。どのアプリに必要なんですか？

MS アカウントに登録されている連絡先がコードの受け取り先になります。

・Microsoft アカウントにセキュリティ情報を追加する方法

https://support.microsoft.com/ja-jp/help/402647...

アプリの方はデバイスすべてから削除するで多分削除できたと思います。

その後、もう一度有効にしようとすると次のような表示がされました。

2 段階認証では、アカウントの保護レイヤーが追加されます。2 段階認証をオンにすると、サインインする際に、別途セキュリティ コードの入力が必要になります。このセキュリティ コードは、ご本人のみに送付されます。

実行する手順は、以下のとおりです。

1. セキュリティ コードを受け取ることができる最新のセキュリティ情報があることを確かめます。
2. 2 段階認証コードがサポートされていないアプリとデバイス (Xbox 360、Windows Phone 8 (またはそれ以前)、その他のデバイス上のメール アプリなど) のアプリ パスワードを作成します。

アプリを入れる前は2番の項目がコードを受け取るのがアプリか電話、メールアドレスから選べたのですが、このまま有効にしたところ携帯にきちんとコードが送られるのでしょうか？

再度有効にして連絡先での設定は出来ないでしょうか。