Questo purtroppo non lo posso sapere. Tu cosa avevi eliminato?
Comunque, credo di capire che non essendoci più la cartella, questo sia il motivo per cui Defender non rimuove la minaccia.
Fai pulizia nella cronologia.
Win+X e apri Powershell come amministratore
digita:
Remove-Item -Path "C:\ProgramData\Microsoft\Windows Defender\Scans\History\Service\*" -Verbose -Recurse
(tutto su una riga)