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Hola Mauricio,
No puedes cambiar el número de dígitos dentro de Microsoft Authenticator. La longitud del código está definida por el sitio web o servicio que emitió el QR secreto. Si el sitio configuró un TOTP de 8 dígitos, la aplicación siempre mostrará 8.
La única manera de obtener un código de 6 dígitos es volver a configurar la autenticación en dos pasos desde el lado del servicio utilizando un secreto TOTP de 6 dígitos.
Inicia sesión en esa cuenta, abre la página de Seguridad o Verificación en dos pasos, elimina la entrada actual del autenticador, y luego vuelve a configurar la aplicación Authenticator. Si el sitio ofrece la opción entre 6 y 8 dígitos, elige 6. Escanea el nuevo código QR con Microsoft Authenticator y completa la verificación. La aplicación ahora mostrará 6 dígitos para esa cuenta.
Si el servicio obliga a usar 8 dígitos, no hay forma de forzar 6 en Microsoft Authenticator. Dime qué servicio estás configurando y te indicaré los pasos.