Pokud je to v EFI (jakože jo), tak pokud není disk vybaven zavaděčem a ten není v UEFI registrován, tak se neobjeví v bootovacích možnostech - běžná praxe.
Pořád tu není odpověď, jestli ten linux viděl oba disky? Pokud jde ve Win vidět jen jeden, tak asi ptoto, že ten druhý má pouze nějakou Windows skrytou part a je nějak markrován, aby nebyl vidět (tady se asi Windows svou proprietujetostí blíží k Mac) - ten disk, který nejde vidět, tak bych zkusil v linuxu v gparted opatřit novou čistou tabulkou oddílů, popř. ještě naformátovat a pak se znovu podívat ve Win.
A taky bych si vzal ponaučení, že pokud instaluji OS (a dnes už to platí Bohu žel i pro např. Ubuntu), tak jen na jeden fyzicky přítomný disk a další doplňuji až po instalaci - je to mnohokrát popsáno, že si ty instálátory disky uzurpují, nectí volby uživatelů ohledně umístění zavaděče apod.