Установщик ОС не должен так влиять. Его "функция" это распаковать из дистрибутива компоненты ОС и разместить их там, где нужно. После первой перезагрузки в дело вступает сама ОС. Так что скорее всего остается влияние какого то ПО...
- Если установлен сторонний антивирус - временно удалите его.
- Запустите Планировщик заданий. Отключите (не удаляя) все задачи в секции Библиотека планировщика.
- Отключите все элементы автозапуска в "Автозагрузке" Диспетчера задач.
- Нажмите Win+R, введите msconfig и нажмите Ок. На вкладке "Службы" отключите все службы, не относящиеся к Microsoft.
Перезагрузите ПК и проверьте, ушла ли проблема. Также напишите, при работе в каком приложении глюк наблюдается чаще всего.