Про себя скажу - я раза три менял жесткий диск клонированием, и один раз были проблемы с материнской платой (в конце концов, была заменена). Не поняв сразу, что проблема в матплате, я запускал chkdsk, причем с флешки с XP от Sysinternals. Repair никогда не делал. Перед тем, как написать в форум, в своих попытках я обнаружил, что Windows RE у меня слетел, и я его восстановил командами
reagentc /disable`` reagentc /enable