Столкнулся с такой проблемой дважды и обе решил.
1- Asus k53sj после долгих 1,5 лет верной службы после обновления на Win8 а затем на 8.1 стал долго загружаться и туго откликаться, заметил почти постоянную 100 % загрузку диска.
Проблема решилась заменой диска, все проверки и тесты Сигейта результат не дали (точнее не указали на неисправность)
2 - новый ноутбук Sony 1521m1, после обновления до 8.1 через магазин, та же проблема медленная работа, но именно работа, загрузка моментальная, загрузка почти постоянно диска на 100%.
Обнаружил проблему случайно KIS выдал номер порта сетевой атаки (одной из нескольких сотен) и тут начал рыскать и нарыл что данный порт юзает торрент клиент, после его удаления проблема исчезла, работать стал чётко.
Всем удачи у кого данная проблема!