Вряд ли файлы повреждает стандартная утилита дефрагментации.
В этом случае были бы тысячи подобных сообщений на форуме.
Просто в вашем случае дефрагментация обнаруживает какую-то проблему.
Дистрибутив OEM производителя не является "чистым". Он может содержать уже какие-то отклонения. Поэтому восстановление заводских настроек не обязательно всё устранит. Проблему могут создать также драйверы оборудования, подгружаемые в процессе установки.
Вы могли бы проверить это, если есть желание.
Вы можете также скачать программу Process Explorer
http://technet.microsoft.com/ru-ru/sysinternals/bb896653
и определить, какая другая программа обращается к тем файлам, которые оказываются повреждёнными. Правда особо продвинутые вирусы научились её обманывать и этот способ может не сработать. Вирус может присутствовать и в вашей сети, куда Вы подключаетесь, особенно,
если Вы используете несколько разных общедоступных точек подключения. Не исключено, что он снова попал на компьютер после полной очистки и восстановления.