Да, критичны.
В Windows 8 дефрагментация отдана на откуп автоматике. Хотелось поподробнее знать, что Вы делаете. Используете ли какие-нибудь программы для проверки состояния системы?
"Вообще эта проблема изначальна" — может быть диск неисправен.
Исчезновение информации наблюдалось когда-то в определённых моделях из-за ошибок в прошивке. Вы можете уточнить, относится ли это к Вам, в сети Интернет.
Сканирование на вирусы надо выполнить не антивирусом из работающей системы, а с отдельного загрузочного диска. Определить наличие руткитов обычно непросто. (пример: TDSS)