A Microsoft recomenda que você nunca utilize ferramentas de limpeza do Registro no Windows 10, pois é sabido que esses programas podem causar problemas à estabilidade do sistema.
Que tipo de problemas você está enfrentando com o seu sistema que o levam a querer limpar o Registro e os arquivos? Por favor, forneça detalhes completos. Além disso, há quanto tempo você reinstalou o Windows?