Olá Pedro, obrigado pela atualização. Como você já está usando o FancyZones, tente ativar a opção Restaurar zonas na inicialização do aplicativo em suas configurações. Isso pode ajudar a ajustar automaticamente as janelas ao seu layout preferido.
Além disso, verifique se o aplicativo oferece suporte à restauração do estado da janela nativamente.
Chard