Provavelmente, trata-se apenas de um bug visual. O Windows não diferencia entre nomes em maiúsculas e minúsculas no sistema de arquivos da sua unidade.
Existe apenas uma pasta do Windows na sua unidade C? Se sim, então não há nenhum problema indicado no seu sistema e não há um método seguro disponível para renomear a pasta do Windows. Provavelmente, isso se resolverá automaticamente com o tempo, sem que você precise fazer nada.