Olá Gabriel Wanderley Lucio
Eu acho que essa é uma hipótese pouco provável a não ser que a clonagem realmente não tenha sido correctamente feita, pode experimentar fazer de novo.
O mais provável é mesmo estar relacionado com a ordem de boot, mas deixe-me ver se consigo a informação sobre a BIOS e como se configura,
Eu acabei de testar, e colocando o ssd em uma case e conectando no USB ele funciona normalmente, mas colocando ele diretamente no local do HD não funciona. não acredito que seja a conexão SATA, pois o HD antigo funciona normalmente.