Existem serviços que correm correm no contexto de processos de sistema. Um exemplo clássico é o serviço de som do Windows. Para saberes quais são os serviços que estão a correr num processo host tens de executar o seguinte comando:
tasklist /svc
A partir dos resultado consegues determinar quais são os serviços. Infelizmente nem sempre é fácil perceber quem é que está a ocupar tanto o disco... Se colocares aqui a lista de resultados talvez seja mais fácil ajudar.
A lentidão pode ser também causada por um elevado excesso de correções de erros que o disco está a efetuar. Para saber se o disco está saudável segue os passos descritos no artigo http://ojmoura.wordpress.com/2012/03/30/deteo-de-problemas-no-disco-rgido/