Olá não sei se ainda tá com o problema eu passei por isso fiz o seguinte...
coloquei para instalar o windows 7 no hd sem formatar a unidade automaticamente irá voltar para ntfs.
após feito isso coloque o hd em uma maquina e faça backup dos arquivos depois só formatar e refazer o backup de volta.
Vc pode tbm fazer um chkdsk nele um amigo disse que funciona tbm mas nunca testei, mas a forma que expliquei dá certo sem complicações.