Muito estranho. Geralmente esta mensagem, quando ocorre vêm acompanhada de algum arquivo que não foi acessado ao algo semelhante. Esta mensagem de erro está completa? Se não estiver, por gentileza, poste aqui novamente ok?
Mesmo assim, tenho algumas sugestões, que podem resolver este problema.
Quando você desativou todos startups, desativou também serviços de terceiros? Efetuou procedimento através do msconfig?
Abaixo coloco procedimento para você verificar se foi desta forma que executou.
Acesse "Iniciar", "Executar" (teclas de atalho Windows+R) e digite "msconfig". Na guia "Serviços", assinale a opção "Ocultar todos serviços Microsoft" e clique em "Desativar Tudo". Na guia "Inicialização de Programas", clique em "Desativar Tudo". Clique em "Aplicar", "OK" e reinicie o Windows.
OBS: Este procedimento desabilita todos serviços e programas de terceiros, bem como logon por fingerprint, antivírus dentre outros. Você pode posteriormente, se o problema for solucionado desta forma, habilitar os programas e serviços que serão inicializados com o Windows, seletivamente, ao invés de manter todos desativados. Efetue este procedimento para não ficar sem proteção antivírus por exemplo. Se o problema voltar após ativação da inicialização de um serviço ou programa em especifico, o problema está exatamente na inicialização deste software e é recomendável removê-lo.
Outra alternativa é verificar se criando novo usuário do Windows, o problema deixa de persistir.
Para criar nova conta de usuário, acesse "Painel de Controle", "Contas de Usuários", "Contas de Usuários" e clique em "Criar nova conta de usuário". Atribua privilégios administrativos à mesma. Efetue logon com esta conta e veja se o problema ainda ocorre.
Se ocorrer, pode excluir esta nova conta e ficar apenas com a que já possuía.
Outra possível solução para este problema, caso o erro ocorra devido arquivos corrompidos no sistema, é utilizar o comando para reposição de arquivos de sistema.
Para tal, acesse "Iniciar", "Todos os Programas", "Acessórios", clique com botão direito sobre "Prompt de comando" e escolha a opção "Executar como Administrador". No prompt de comando digite, sfc /scannow . Após correção, reinicie o Windows e verifique se o problema ainda persiste.
Aguardo novidades.
Até mais!!!