(Excel2016) セルのコピー（オートフィル）が一切できなくなりました。

はい。そのような報告が多々あるのだと知りました。

ただ、更新プログラムのアンインストールはできない状態です。

もうMicrosoftからのお知らせを待つしかないのですかね。

サポートが切れているからセキュリティに欠陥があるという事なら納得できますが、

今まで使えてた重要な機能が破壊されるのはさすがに受け入れられないですね。

リモート コード実行の脆弱性で影響が大きく深刻な問題なので、例外的にサポートが終了している Excel 2016 に更新を提供したのでしょう。脆弱性があるまま使うのは危険すぎるので、現状の動作を甘受するか、サポートされている製品に切り替えるかという選択肢でしょう。

いくつか副作用のある更新のようなので、もしかしたら Microsoft が副作用を改善したバージョンを提供するかもしれませんが、しないかもしれません。こればっかりは分からないので、どうするかはご自身で判断してください。