こんにちは。
Windows のリセットでも改善しないとのことですので、まず USB メモリに限った現象か確認したいです。
PC 内の2つのテスト用フォルダーに同名の Excel ファイルを置き、同じ「ファイルの情報を比較する」操作で「続行」の表示が遅れるか確認してください。
PC 内では正常な場合、別の USB メモリや別の USB ポートでも試してください。
当面の回避策として、Excel を閉じ、コピーするファイルを F2 キーで「元の名前_日付.xlsx」など重複しない名前に変更してからコピーすると、比較画面を経由せず両方を保存できます。
上記の確認結果と、Windows キー+R →「winver」で表示されるバージョン・OS ビルドを教えていただけますか。