Linux 用 Microsoft Defender for Endpoint のインストール自体は手動で行うことも可能です。
- Linux 用 Microsoft Defender for Endpoint を手動で展開する - Microsoft Defender for Endpoint | Microsoft Learn
ただしライセンスを有効にするため、Microsoft Defender ポータルからオンボード パッケージをダウンロードして適用する必要があります。「相応のMicrosoftのアカウントが取得できず」というのが具体的にどのようなプロセスで行えないのか分かりませんが、少なくとも Microsoft Defender ポータル に管理者としてサインインしなければなりません。
オンボーディング パッケージの実体は Python スクリプトなので、パッケージのダウンロードだけ権限のあるユーザーが行えば、実際の適用作業は誰が行っても良いようです。