AzureFilesのローカルAD認証について

チャブーンです。

この件ですが、

１つだけを、365とは関係ない ADに認証させる事は出来ますか

前提条件を満たせば、可能だと思います。が、実態としては困難です。

1. 既存ドメイン(フォレスト)と無関係のドメイン(フォレスト)に信頼関係がある必要があります。この前提で1台のEntra Connectサーバーで同期するよう組み込みます。サポートされる同期モデル、されない同期モデルがありますので、以下の資料を確認してください。
   Microsoft Entra Connect のトポロジ
2. 対象となるストレージアカウントにIDベースの認証が構成されていない必要があります。すでに構成済みの場合、対象のドメイン(IDソース)も指定済みだと思いますので、追加設定はムリかと思います。また異なるIDベースの認証を1つのSAに複数設定することはできません。

質問者さんの環境はおそらく「既存のドメイン管理者に一切迷惑をかけないように」完全に無関係のActive DIrectoryを想定しているように思われます。その関係性を変えないと、不可能な構成かと思います。