デスクトップにストアアプリのショートカットを作るとデスクトップとshell:AppsFolder上のアイコンが白くなる

特定のアプリだけで更新する度に問題が起きるとすればアプリ側での改善を待つしかないかもしれませんが、次のような代替策を試してみてもいいかもしれません。
デスクトップのショートカットを右クリックして「プロパティ」を選択し、「ショートカット」タブの［アイコンの変更］でアイコンを変更する。
好みのアイコンが見つからない場合は、自分で探した画像からアイコン（.ico）ファイルを作成して指定する。
アイコンファイルはアプリを使えば簡単に作成できますので、作成方法はネット検索して調べてください。
画像の例：
　　　　

インストールした結果などを含めストアアプリの仕様はよく分かりませんので、あれこれいじらない方が無難かもしれませんが、スタートメニューとタスクバーのアイコンは正常でshell:AppsFolderとデスクトプアイコンだけに問題があるとすれば次のようなことも試してみてもいいかもしれません。
次の方法でショートカットを作成する。
WindowsAppsフォルダーは通常では開くことができないので、アクセス権の変更で「所有者」を変更する必要があります。
変更前にシステムの復元ポイントを作成して、一連の作業が終わったらシステムの復元で元に戻しておいた方がいいと思います。
C:\Program Files\WindowsAppsから実行ファイル（.exe）が見つかれば、右クリックして「ショートカットの作成」でデスクトップにショートカットを作成してみる（作成してもそこから起動できるものとできないものがあります）。 

ショートカットが作成できないとか作成できても起動できない場合は、デスクトプアイコンのアイコン変更で実行ファイル（.exe）を指定して変更できるかもしれませんし、アイコン（.ico）ファイルが見つかればそれを指定して変更するとかアイコン（.ico）ファイルをコピー保存して保存したアイコンを指定することもできると思います。

ストアアプリのショートカットをメモ帳で開いてみると、

ストアアプリの場所、アイコンらしきpngファイル名、がある。

ということは、ストアアプリを更新すると、これらの情報は前のバージョンのままってことになる。

ストアアプリが更新されると、スタートのストアアプリのアイコンが空白になることがあるのは、このせいかな。

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つまり、ストアアプリのアイコンは、ストアアプリの更新で、空白になる。という仕様ですね。

ストアアプリの更新で、旧バージョンが残ってる場合は、空白にならない。

たぶん、エクスプローラでアイコンを表示するとき、旧バージョンのアイコンリソースがなければ、新バージョンに更新するんでしょう。新バージョンに問題があると、ダメ。

昔からよくあるがそのうち直るのは、新バージョンを出し直してるのかな。

過去から同じ質問が出ていますが、もしかしたら原因がそれぞれ違うのかもしれません。
セーフモード（アイコンキャッシュクリア）で一時的に解決しても時間が経つと問題が再発するとなると確認に時間がかかるかもしれませんが、ダメもとで次のことを行って確認してみたらどうでしょうか。

特定のストアアプリの問題なら、そのアプリのリセット・修復・再インストールを行うという方法もありますが、再インストールしても解決しなかったということであればMicrosoft Storeのリセット・修復を行う。
Microsoft Storeの再インストール（アンインストール）は通常の方法ではできません。
下のサイトの手順はWindows 11のバージョンアップで手順などが変わり、Ver.24H2以降は「設定」の「アプリ」から「インストールしているアプリ」を開いて、末尾にある関連設定の「システムコンポーネント」をクリックすればMicrosoft Storeがあります。
　　Microsoft Store：リセットや修復する方法

OneDriveなどの同期アプリを使っている場合は同期を停止して確認する、必要がなければアンインストールする。
大切なデーターを失うことがないように、正しい手順を確認してから行ってください。
　　OneDrive をオフにするか、無効にするか、アンインストールする

新規ユーザー（ローカルアカウント）を作成する。
問題が解決して新規ユーザーに移行する場合は、今のユーザーが管理者の場合は必ず新規ユーザーを管理者アカウントに変更してください。
　　ローカル アカウント ユーザーを作成する方法
　　アカウントの種類（管理者/標準ユーザー）を変更する方法

修復インストールする（個人用ファイルとアプリを引継ぐ）。
　　修復(上書き)インストール

何が絡んでるのか分からないので、

１．shell:AppsFolder\AppUserModelIdのアイコン

２．１のショートカットをデスクトップ以外に作成

３．１のショートカットをデスクトップに作成

４．１のショートカットをタスクバーにピン留め

それぞれの変化を観察するのがよさそう。

デスクトップにストアアプリのショートカットを作るとデスクトップとshell:AppsFolder上のアイコンが白くなる

ストアアプリのショートカットは、shell:AppsFolder\AppUserModelIdのショートカットなので、shell:AppsFolder\AppUserModelIdのアイコンが空白なら、ストアアプリのショートカットのアイコンも空白になるでしょう。

それが、セーフモード起動で、ストアアプリのショートカットのアイコンが空白でなくなったらしいが、shell:AppsFolder\AppUserModelIdのアイコンがどうなったか不明。

F5で、ストアアプリのショートカットのアイコンが空白になったらしいが、shell:AppsFolder\AppUserModelIdのアイコンがどうなったか不明。

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shell:AppsFolder\AppUserModelIdのアイコンが空白になるのは、インストールの問題と思うけど、キャッシュがかんけいするのかなあ。

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ストアアプリのアイコンはどうなってるのか分からないなあ。

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そう言えば、ショートカットもその中にアイコンのキャッシュを持ってるんじゃないのかなあ。F5で表示されるのはそれかなあ。

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タスクバーのアイコンはレジストリにキャッシュを持ってるような。デスクトップのアイコンもそうかなあ。

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キャッシュがいっぱいあって、分からないなあ。