スクリーンショットがないので想像の域をでませんが、新しいアプリのインストールやアップデートとは関係なく、何かのアプリの管理画面の大きさの枠のような四角であれば・・・
PCの起動時の負荷が高い状態で、出来の悪い常駐アプリがうまく起動できていないか、残骸が残っているのかもしれないので、
■クリーンブートするか、
■Windowsの起動と同時に常駐しているアプリの常駐を出来る限りすべて無効にしてからPCを再起動してみてはどうでしょう?
効果があれば、ひとつずつ常駐を戻していくと犯人がわかるかもしれません。
また、起動時の負荷を下げるように対処すると効果があるかもしれません。
手元では、自動的にセットアップを更新させてますが、起動時にデスクトップを表示させるタイミングは早すぎる(PINやパスワードを早いタイミングで入力する)と、いつも同じセキュリティ関係のアプリですが、Windows10のPCで、極たまに発生することがあります。