パワーポイントで複数行の数式を作成し保存すると2行目以降が消える

利用されているアプリの種類・バージョン・ビルドは何ですか？

バージョン依存かどうかの確認として最新版へのアッブデート、旧ビルドへのロールバックを試してみてください
現在のチャネルのリリースノート

もし、バージョン依存している様でしたらフィードバックで報告して改善されるまで気長にお待ちください。

試しに手元の手近のPCでやってみると・・・

Version 2606: June 30 Version 2606 (Build 20131.20112)のPCでは、PowerPointとWordで同じ現象が再現されますね。

■shift+Enter以降の情報の書込か読み込みの処理がうまくできないで感じで、内部では１行として認識している様で、shift+Enterで改行するとうまくいかない（保存して読み込むと、１行と認識して２行目以降の情報が消失している様ですね）ですね。

とりあえず・・・

■改善されるまでEnterで改行することにしてはどうでしょう。

これだと改行するたびに数式入力モードが解除されるので面倒ですが、数式挿入のボタンを一時的に、クイックアクセスツールバーに追加しておいて。ちょっと手間ですが、解除されたらクイックアクセスツールバーから数式入力モードに入ったらどうでしょう。

また、

■ヘルプからフィードバックしたり、改善を促す目的でサポートに問合せて、もっと有効な？回避策についてなどもあわせて相談してはどうでしょう。