デスクトップをアカウントの直下におきたい

「デスクトップ」は通常ユーザープロファイルに含まれます。

どうしても移動させたいのであれば、デスクトップのプロパティで [場所] タブを出して、移動させることは可能ですがトラブルの元なのでお勧めできません。

医療用オンラインシステムを使用するにあたって、ダウンロードしたファイルがデスクトップがアカウントの直下にあるものではないと開けない仕様

が非常識ですね。

ダウンロードしたファイルがデスクトップがアカウントの直下にあるものではないと開けない仕様になっており

ダウンロードしたファイルがアカウントの直下にあるものではないと開けないのか？

デスクトップ（上のアイコン？）がアカウントの直下にあるものではないと開けないのか？

日本語の問題かもしれませんが、この質問の意図するところが理解できません。

いずれにしても、ここ Microsoft Q&A の様な一般 Windows 利用者向けのユーザーコミュニティでは、理解して正しい設定をアドバイスする事が難しいので、まずはお使いの「医療用オンラインシステム」のユーザーサポートに相談することをお勧めします。

なお誰でも、Windows では無くてブラウザを設定することで「デフォルトのダウンロード先の場所」を設定・変更することは可能です。

通常、OneDrive for Personalがデスクトップをバックアップと同期をしていなければ、%userprofile%\デスクトップ、または、%userprofile%\desktopが Windowsのデスクトップ画面に置かれたファイルを格納している場所です。

医療用システムであることから、個人向けのOneDrive for Personalが動作しているとは考えにくく、デスクトップフォルダは既定のままだと思われます。但し、ダウンロードしたファイルは、%userprofile%\downloadに格納するのが既定値です。ダウンロードしたファイルがデスクトップに無ければならない設計自体を見直してもらってください。

普通は、

・ダウンロードフォルダに保存された後で、ファイルを所定の場所に移動

・ダウンロード時に「名前を付けて保存」として、所定のフォルダを選択する

のどちらかとします

Edgeなどのブラウザで保存先フォルダを変更するのは、セキュリティなどトラブルの元となるのでお勧めしません

医療用オンラインシステムを使用するにあたって、ダウンロードしたファイルがデスクトップがアカウントの直下にあるものではないと開けない仕様になっており、設定を変えたいので教えてほしいです。

正しい表現できちんと書きましょう。

デスクトップフォルダをユーザプロファイルフォルダの直下にしたいのですか。

c:\users\%username%\desktop

それで今はどこにあるのですか。それによって異なります。

c:\users\%username%\onedrive\desktop

または

c:\users\%username%\onedrive\デスクトップ

なら、onedriveの設定で、バックアップをオフにする。

その他の場所なら、デスクトップフォルダのプロパティ、場所タブで、標準に戻す。

自分で変えてないなら、onedriveですか。