ウィンドウズスクリプトプログラマ さんが書かれているように、デスクトップに置いたアイコンの配置を「記憶して保持する」という明示的な仕様は無いので、アイコンの位置が変わる動作は不具合(バグ)ではありません。従って
このバグの解決方法
もありません。お気に入らないかもしれませんが
「用途ごとにディレクトリを作ってそこに入れておけばいい」とか「ファイル名に優先度を書けばいい」
というような運用を検討してください。そもそも論でいえばデスクトップは一時的な作業用の場所であって、永続的にデータを保存することを想定した場所ではないという話です。