Microsoft Teams Free 内でのドキュメントとメディアのアクセス、共有、管理
ExcelファイルやPDFファイルをTeamsにアップロードするとご自身のOneDriveにアップロードされるのは仕様です。
元々OneDriveに置いていたものをTeamsにアップロードすると同じファイルがTeamsに二重で保存されてしまうのも書かれている通りの動作になりますね。
これはTeams側はアップロード元のファイルの場合の把握なんてしてないので当然と言えるでしょう。
・元ファイルはOneDriveには置かずローカルやUSBメモリ等に保存する
・無料だとOneDriveは5GB保存出来るので空き容量と相談しながら様子見(5GBはPDFファイルを何百・何千とアップロードしても問題は無いくらいの容量です)
・もしも足りない場合は仕事の必要経費と考えて100GBのプランに加入
といったことが対応策として考えられると思います。
ちなみに私も調べて初めてしりましたが、ファイルのアップロードはOneDriveへ保存され、
画像のアップロードはMSのサーバー?にアップロードされ無制限だそうです。
Microsoft Teams 無料版データはどこに保存されますか?
https://support.microsoft.com/ja-jp/office/415b9795-4005-4143-b5b7-29c2e98260f5