ユーザーがノートを電子的にキャプチャ、整理、再利用できるようにする Microsoft 製品のファミリ。
OneDrive のノートブックのデータは、実体としてはフォルダーで、アプリ(OneDrive やエクスプローラー)側で OneDrive のアイコンで1つのファイルのように見せています。そのため、そのアイコンにドラック&ドロップしたことで、実体であるフォルダー内にファイルがアップロードされてしまったのだと思われます。しかしこのアップデートされたファイルは、OneNote からは見えずアクセスできないと思われます。
対処方法ですが、通常の OneDrive の Web やエクスプローラーではフォルダーとして開けないので、
OneDrive をネットワーク ドライブにする方法 | SEECK.JP サポート
の方法で OneDrive をネットワーク ドライブとして接続して、エクスプローラーで開いてください。
そうすると OneNote のノートがフォルダーとして表示されるので、中のファイルにアクセスできるでしょう。
※間違ってアップロードしたファイル以外には触らないでください。ノートブックが壊れます。